谢晓晖 局长：主持局行政全面工作。

　　钟伟彬 党组书记：主持局党组全面工作。负责商业体系建设、商贸新业态招商等商业发展工作和商贸流通发展、组织实施流通秩序、编制实施商业网点规划等商贸业管理工作。

　　李文勇 党组成员、副局长、三级调研员：负责党建、党风廉政、纪检监察、干部人事、意识形态、统战、工青妇、安全生产等工作；负责文电、机要保密、档案、督办、应急、信访、财务、资产管理、政务公开等机关日常工作；负责《南沙方案》工作专班、综合、商务运行、信息、宣传、自贸试验区等工作。

　　雷延妮 副局长：负责口岸服务保障、口岸开放、口岸通关协调和口岸营商环境等口岸协调工作；负责跨境电商、保税物流、离岸贸易、汽车进出口等国际贸易新业态的产业研究和招商等外贸发展工作；负责协调海关特殊监管区域运行、服务和保障等工作。

　　陈君毅 党组成员、副局长：负责对外贸易、服务贸易、外资管理、对外经济合作等工作；负责港口航运服务管理、航运物流产业发展和招商、临港经济区建设、国际航运枢纽核心承载区及重点项目建设等航运服务相关工作。