黄阁历史源远流长。如果从新石器时代揭开黄阁历史第一页算起，迄今已有4000～5000年历史，是珠江三角洲最早有人类渔猎和居住的地方之一。据史书记载，黄阁从南海郡番禺县析出划属东莞的历史算起，至今已逾1674年。以南宋咸淳九年（1273年）麦氏一族南迁到此开村算起，至今也历700余载沧桑岁月。

黄阁历史上隶属多变，曾分别隶属南海、番禺、广州、东官（莞）、增城、宝安、香（中）山等地，辗转1600余载后，在1959年重新回归番禺。

新时期时代晚期，黄阁的境内已有人类在此生活和渔猎。1985、1986年于黄阁镇小虎岛、梅山涌出土了一批新石器时代文物（现藏于番禺博物馆）。这些文物不仅是黄阁，也是当今南沙境内在新石器时代晚期已有人类活动的最有力物证。

双肩石斧后部残段，长9.7厘米，宽6.5厘米，厚2.9厘米。青色灰石质，呈椭圆形柱体，有双肩，断去约一半。1985年，梅山糖厂职工在黄阁亭角村梅山涌发现。同时发现的有刻纹夹砂黑陶片、印纹夹砂陶片和石化程度不高的角骨、角脊椎骨等。有关部门鉴定为距今4000～5000年前新石器时代晚期器物。

有段石锛长9.1厘米，宽3.3厘米，厚1.8厘米。灰黄色，灰石质，呈扁方形圆柱体，北部有打制痕迹，刃口光滑锋利。1986年黄阁镇小虎砖厂工人在鱼尾山海滩挖沙时发现。经鉴定为新石器时代晚期器物。

有孔石矛（鱼标）残段是石矛中间穿孔处折断后的尖端。残段长9.7厘米，宽2.2厘米，厚0.9厘米，尖峰是17度锐角，切面是扁四棱形。赭色麻石质，有黄色斑点，遍体磨光，呈剑脊形。钻孔光滑，有横向钻痕。1986年，黄阁镇小虎砖厂工人在鱼尾山海滩挖沙时与有段石锛同时发现。出土时完好，后被折断，后半段已遗失。据发现者说，前后两段大致相同，钻孔在中部，后半段齐头尾、磨光、无刻槽或其他痕迹。经鉴定与有段石锛为同期器物。

南宋绍兴二十二年（1152年），黄阁自始从东莞析出划归香山县（今中山市）。其时，从香山镇到东莞县治到涌（今莞城）只能走水路，沿路大海汪洋，海盗出没，抢劫向朝廷输纳的钱粮。东莞县令姚孝资用香山进士前朝政大夫陈天觉改香山镇为县，利于输纳朝廷之建议，请州上奏朝廷，结果准奏，并划番禺、南海、东莞、新会四县部分海岛归香山，仍用镇名，称香山县，隶属广州府。自始黄阁从东莞析出划入香山（今中山），直至1959年7月，在分别归属东莞821年和香山807年后回归番禺。至此，黄阁离开番禺已1674年，正是“合浦珠还”。

香山立县之初，全县仅设10个乡。其中，从东莞划入的香山镇，改置仁厚乡（今石岐、环城、深湾一带），从东莞划入的黄阁和从番禺划入的黄圃等地方，改置古海乡。其时，黄阁称香山县古海乡黄旗角村（《香山县志》载：“八十里海中有村五，曰黄旗角、潭洲、大黄圃、黄圃、古镇”）。

南宋末“元兵扰攘”，逗留于保昌的难民若干个宗族联合向州府申请路引，集体乘竹筏南渡，到广州各县“辟地以种食”。

南宋咸淳九年（1273年），中原汉人南雄珠玑巷麦必达兄弟五人携眷南迁黄阁定居，是为麦氏黄阁始迁祖，也是南迁黄阁氏族的开山鼻祖之一。新会莲塘里《麦氏族谱》记载：“宋咸淳九年癸酉（1273年）麦氏家族南迁，以竹结筏，浮浈（江）而下，至连州水口，遇水筏散，溺毙男女无数。至广属香山黄角大良，各投土人草屋安歇，分寻居住，成聚落焉。麦氏有五兄弟一妹及同族二百余人，始居黄角。”又中山《小榄麦氏族谱》载：“我祖必达公兄弟五人（长必荣、次必秀、三必达、四必端、五必雄），于咸淳九年二月十六日起程抵广州，五月十五日至香山黄旗角乡。……麦必达为铁杖公十四世孙，自南雄保昌（保昌即南雄）迁香山黄旗角。”

而另有一种说法南雄珠玑巷麦必达兄弟五人携眷南迁黄阁定居是在南宋建炎末年至绍兴元年间（1130-1131年）。

据光绪九年刻本中山《小榄麦氏族谱》中的一段《南来岁月考》记载：我族南来，各谱又有谓绍兴间金人南逼，有谓绍兴间宋政日非，广州地远土饶，故先事南下者。究之事远年湮，传闻异词，岁月无不讹舛，而揆厥时势，当不离南渡后绍兴间者为近，决不在咸淳间时也。盖五必公科仕生卒，虽前后参差难于复实，然以别房《冲霞谱》考之，则伊始祖遁涯公由绍兴元年避乱而至。我五必公之来应与同时，若来自咸淳九年，则后六年而宋室迁矣，子孙即为元人，何以各谱数传后尚称宋人耶？……又姑无论沙头房旧谱载必秀公第七世孙奋雷任宋阳江尉，此尚可疑。乃按我榄旧谱载，黄角有宋故六九秀才墓（六九为必达公第四子），碑刻“宝庆元年乙酉（1225年）十一月丙午葬于武山之原”，则五必公南来必在宝庆以前。若自咸淳九年，不转在葬六九公四十九年之后乎？大抵五必公诞生约在北宋元丰、元祐间，各谱所载仕宦科名，多与徽、钦、高三宗之世吻合，则五必公南迁应与遁涯公同在高宗绍兴初年矣。纵非同时，揆其前后，终不出高宗孝宗之世，为南渡后迁来无疑。咸淳一论或后世传闻之误未可知也，后必有能考据而辨之者。

按照《小榄麦氏族谱》考证南宋南雄珠玑巷氏族南迁实践，推翻咸淳九年只说，确立绍兴元年之言，其论据大概为：一、此次南来的麦必达之子六九秀才葬于宝庆元年，则必达南迁必在宝庆之前。二、麦氏各谱载五必之后数世尚称“宋人”。三、麦必秀七世孙麦奋雷任宋阳江尉。此说有根有据，是可信的。

清光绪三十四年，麦汝球《麦氏族谱》抄本就珠玑巷麦氏南迁专门辨伪。《辨伪》载：“粤稽旧谱相关宋咸淳年间五必公自南雄迁徙不知如何错误，今以年代总计自隋开皇元年辛丑计，至今上光绪三十四年戊申共一千三百二十八年，以三十年为一世计之，应除四十四世也。今各房支孙皆有四十四传，与朱子释《论语》‘如有王者必世而后’，仁章注世字云‘三十年为一世’适相符合。考旧谱，自铁杖公传至五必公十六世应得四百八十年，今计自隋开皇至宋咸淳之年有六百八十五年，应传二十三世方符其数，何以谨得十六传，又计自宋咸淳至今光绪戊申得六百四十四年，应传二十二世，何以多至二十八传。年数多而世次反少，年数少而世次反多，有是理乎？不辨而自明。”

东莞市文史家杨宝霖著《南雄珠玑巷氏族南迁及对东莞的开发》载：《罗氏族谱》载是“绍兴元年”（1131年），《麦氏族谱》记是“咸淳九年癸丑”（1273年）（霖按：咸淳共十年，无癸丑，咸淳九年乃癸酉，“丑”为“酉”之讹），一为南宋初，一为南宋末，相距142年。两者政治形势是相同的，都是异族南侵，人民逃难，只以时代衡量，定其正误，是不能解决的。愚以为作“绍兴元年”则合理。

元十六年（1279年）二月，元军攻陷新会崖山，宋亡。“帖木儿不花加都元帅，追宋将张世杰于香山岛，世杰死，降其余数千人，广东诸郡及海岛尽平。”香山县隶属广州路管辖，黄阁其时属之，称香山县古海乡黄旗角村。

明洪武元年（1368年），香山县隶属广州府管辖，铁城（今石岐）复为县城。明洪武十四年（1381年）全县改乡为坊都，古海乡改为黄旗都，黄阁属之，称香山县黄旗都黄旗角村。

顺治二年（1645年），香山隶属广州管辖，黄阁属之。

顺治五、六年（1648年至1649年），郑成功的海上武装相继攻克闽南沿海地区，以金门、厦门为抗清基地，势力扩大到广东的潮惠一带。郑成功和张煌言的联合部队还多次进攻浙江、福建、广东等地的清军。清统治者认为，这支抗清势力“若无奸民交通商贩，潜为资助，则逆贼坐困可待”。清政府为了切断其供应来源，在1656年（顺治十三年）7月，颁布了“禁海令”。

但厉行“禁海令”之后，郑成功仍派遣商人潜入内地进行秘密贸易，特别是在顺治十六年（1659年），又大举北伐。朝廷为了消灭这支队伍，于1661年（顺治十八年）发布“迁界令”，命令由山东至广东的沿海居民内迁50里。

康熙元年（1662年）3月，清廷勒令广东沿海的香山（黄阁其时属香山）、东莞、新会、海丰等二十四州县的居民内迁50里，并所有附近海岛洲港（澳门除外）皆迁。在界外地区不准人民居住，房屋全部拆毁，田地不准耕种，不准出海捕鱼，凡超出界外者立斩。迁出之后，清政府在沿边划界，筑墩台，树桩栅，派重兵把守。其时，黄阁设把总一名，兵七十名。

康熙三年（1664年）5月，清廷“时以迁民窃出鱼盐，恐其仍通海舶”，又下令再内迁30里。除已迁州县的人民再内迁30里外，原来不在界外的顺德、番禺、南海及海阳四县居民这时也要内迁。广东前后两次迁界，共28个州县，20个卫所，被迁人民数百万，抛荒田共531万亩。

据史书记载，康熙元年（1662年）迁界时，由于限期三日，“尽夷其地，空其人”，以致被迁人民仓惶逃难，“多弃其赀，携妻挈子以行”，野栖露处，死亡载道。特别是一些一时不愿迁走的人，更遭到残酷的屠杀。1664年（康熙三年）再次迁界，进入人烟稠密、田庐连比的地区。广东沿海迁界的数百万难民，因为流离既久，生计无着，或捐妻鬻子，或“合家饮毒”，或“尽帑投河”，遭受了广东历史上的一场特大灾难。时人胡日乾上书广东巡抚请求复界时沉痛地控诉说：“伐南山之竹，写恨无穷；绘监门之图，形容难尽。”

清廷野蛮残暴的迁界政策，激起了广东沿海人民的强烈反抗。康熙三年，番禺沙湾司市桥上义民李荣、周玉起义反清。事因迁界暴政，“船民渔户无以为生，遂叛”（《番禺县志》）。康熙三年（1664年）7月，爆发了惠州碣石镇总兵苏利的抗迁起义。

由于人民的反抗和赋税的大量减少，康熙七年（1668年），广东巡抚王来任上疏请求复界。康熙八年（1669年）1月，清廷下令允许部分地方复界，即允许康熙三年迁界地区恢复原籍，但康熙元年的迁界地区尚属于界外禁区。直至康熙二十二年（1683年）7月，清廷平定台湾之后，才宣布废止“迁界令”。康熙二十三年（1684年）1月，广东大吏正式通告，被迁人民全部迁回原籍，并允许渔民出海捕鱼。历时23年的迁界暴政至此才告结束。黄阁人民饱经颠沛流离20多年才得以重返故园，在废墟和荒芜中艰辛创业和重建。

在宋、元、明代时期，根据人口和赋税情况，香山县被列为下县。明《永乐大典》记载：“香山为邑，海中一岛耳，其地最狭，其民最贫。”在清初，《香山县志》载：乾隆本自认香山是“昔则土旷人稀，生计全无，今则民繁地瘠，家鲜余资”之县。嘉庆、道光年间，香山县注重休养生息，因而人口大增，生产迅速发展，成为广东肥沃地区，于是与南海、番禺、顺德、东莞等同列为大县，从此摆脱下等县地位。

道光七年（1827年），黄阁改黄旗角为黄角。其时，全县11个坊都合并为9个都，黄旗都仍沿用旧称，黄阁属之改为乡，但未知何故，黄旗角开始改为黄角，时称香山县黄旗都黄角乡。