南沙区政协设常务委员会主持会务。常务委员会由主席、副主席、秘书长、常务委员组成。主席主持常务委员会的工作，副主席、秘书长协助主席工作。主席、副主席、秘书长组成主席会议，处理常务委员会的重要日常工作。

南沙区政协设立7个专门委员会，是在常务委员会和主席会议领导下组织委员进行经常性活动的工作机构。包括：提案委员会、经济和城建资源环境委员会、教科卫体委员会、社会法制民族宗教委员会、港澳台侨外事委员会、文化文史学习和联络委员会。

南沙区政协设办公室，在秘书长领导下进行工作；设办公室副主任1人，协助秘书长开展工作。下设秘书行政科和综合调研科，负责区政协机关的日常事务工作和对应专委会的服务协调工作。